Umhverfisáhrif skipasiglinga eru ekki eingöngu bundin við haf og strendur. Eldsneytisbrennsla um borð í skipum hefur í för með sér losun ýmissa loftmengunarefna sem geta haft áhrif á heilsu manna og umhverfi. Loftmengun af völdum skemmtiferðaskipa hefur t.d. verið til umræðu hér á landi og víðar undanfarin ár. Auk þess losna t.d. bæði ósoneyðandi efni og gróðurhúsalofttegundir frá kælikerfum um borð í skipum. Sjá nánari umfjöllun í kafla 7.5.

Eins og fram í kafla 8.3 er fjallað um loftmengun frá skipum í viðauka VI við MARPOL-samninginn. Viðaukinn hefur að geyma takmarkanir á losun tiltekinna loftmengunarefna frá skipum og heimilar ríkjum að skilgreina sérstök svæði á hafi þar sem þörf er á strangari kröfum.

Í alþjóðlegu samstarfi um loftslagsmál á grunni loftslagssamnings Sameinuðu þjóðanna er gert ráð fyrir að Alþjóðasiglingamálastofnunin muni samþykkja reglur til að draga úr losun gróðurhúsalofttegunda vegna alþjóðlegra siglinga. Árið 2003 var umhverfisnefnd Alþjóðasiglingamálastofnunarinnar falið að leita lausna til að draga úr losun frá skipum með tæknilegum og rekstrarlegum aðgerðum, auk þess sem kannað skyldi hvort nýta mætti markaðsöflin til að ná árangri. Aðgerðir létu bíða eftir sér lengi vel og sætti Alþjóðasiglingamálastofnunin harðri gagnrýni um árabil fyrir seinagang við að móta stefnu í loftslagsmálum. Áfangi náðist innan stofnunarinnar árið 2011 þegar hún samþykkti alþjóðlegar kröfur um tæknilegan búnað nýrra skipa til að draga úr losun koldíoxíðs vegna eldsneytisbrennslu. Einnig voru samþykktar almennar reglur um orkusparnað í rekstri sem gilda um öll skip og er ætlað að tryggja að skip sem byggð verða árið 2025 verði 30% orkunýtnari en þau sem byggð voru árið 2014. Kröfunum var bætt við viðauka VI. við MARPOL-samninginn um loftmengun og tóku þær gildi 1. janúar 2013. Stofnunin steig síðan stærra skref í loftslagsmálum árið 2018 þegar umhverfisnefnd hennar samþykkti stefnu um að draga úr losun gróðurhúsalofttegunda frá skipum um a.m.k. 50% fyrir árið 2050. Stefnan var endurskoðuð árið 2023 og felur nú í sér að losun frá alþjóðlegum siglingum nái hámarki eins fljótt og mögulegt er og dragist síðan saman þannig að kolefnishlutleysi náist um miðja öldina. Skylt verður að tryggja upptöku lágkolefnaeldsneytis og tækni sem stuðlar að lítilli losun. Árið 2030 skal losun hafa dregist saman um 20% frá árinu 2008, þó helst 30%, og árið 2040 skal losun hafa dregist saman um 70% frá árinu 2008, þó helst 80%. Aðgerðir til að ná þessum markmiðum skulu vera bæði tæknilegar (skipaeldsneytisstaðall) og efnahagslegar (verðlagning á losun). 

Ísland er aðili að Montreal-bókuninni um vernd ósonlagsins sem hefur áhrif á notkun ýmiss konar efna sem notuð eru sem kælimiðlar um borð í skipum, m.a. vetnisklórflúorkolefna (HCFC) og klórflúorkolefna (CFC). Hér á landi sem víðar hefur þessum efnum að miklu leyti verið skipt út fyrir vetnisflúorkolefni (HFC) sem skapar vandamál fyrir loftslagið enda eru vetnisflúorkolefni mjög öflugar gróðurhúsalofttegundir. Til að bregðast við þessu var árið 2016 samþykkt breyting á Montreal-bókuninni, svonefnd Kigali-breyting, sem gerir ráð fyrir að notkun vetnisflúorkolefna verði að mestu leyti hætt á heimsvísu árið 2036. Kigali-breytingin tók gildi 1. janúar 2019 fyrir þau ríki sem hafa fullgilt hana. Ísland fullgilti breytinguna í janúar 2021. Með reglugerð nr. 1066/2019 um flúoraðar gróðurhúsalofttegundir voru settir stigminnkandi innflutningskvótar á HFC-efni hérlendis í samræmi við Kigali-breytinguna. Innflutningskvótarnir voru svo minnkaðir með reglugerð nr. 1425/2020 um breytingu á fyrrnefndri reglugerð.