Til að halda úr höfn á Íslandi þurfa öll íslensk skip að uppfylla alþjóðlegar lágmarkskröfur um smíði, búnað og örugga starfsemi skips og hafa skírteini útgefin af Samgöngustofu því til sönnunar, þ.á m. haffærisskírteini. Samgöngustofa hefur eftirlit með því að skilyrði fyrir útgáfu skírteina séu uppfyllt, m.a. að fullnægjandi mengunarvarnabúnaður sé til staðar. Eftirlitið fer fram með reglubundnum skoðunum á skipum sem stofnunin getur ýmist annast sjálf eða falið faggiltum skoðunarstofum. Ef skoðun leiðir í ljós að kröfur um mengunarvarnir eða öryggi skips séu ekki uppfylltar getur Samgöngustofa fyrirskipað að úr sé bætt – og getur jafnframt lagt farbann á skip.

Samgöngustofa fer einnig með svokallað hafnarríkiseftirlit, þ.e. eftirlit með gerð og búnaði erlendra kaupskipa sem koma til hafnar hér á landi. Ísland hefur frá árinu 2000 tekið þátt í samstarfi á grundvelli Parísarsamkomulagsins um hafnarríkiseftirlit (Paris Memorandum of Understanding), sem er samkomulag Íslands, ríkja Evrópusambandsins, Noregs, Kanada og Rússlands um eftirlit með skipum sem koma til hafnar í þessum ríkjum. Ísland er einnig bundið af reglum EES-samningins um hafnarríkiseftirlit innan EES-svæðisins, sem fléttast saman við eftirlit samkvæmt Parísarsamkomulaginu.

Markmið bæði Parísarsamkomulagsins og ákvæða EES-samningsins um hafnarríkiseftirlit er að tryggja að öll skip sem koma til hafnar í þátttökuríkjum séu skoðuð með reglulegu millibili. Skoðuninni er ætlað að ganga úr skugga um að skip uppfylli alþjóðlegar lágmarksreglur um hönnun, búnað, mengunarvarnir, öryggismál o.fl. Þannig er leitast við að draga úr ferðum undirmálsskipa, þ.e. skipa sem eru svo vanbúin að öryggi skipverja og umhverfinu stafar hætta af.

Í tengslum við hafnarríkiseftirlit eru skip flokkuð í mismunandi flokka eftir því hvað þau eru talin fela í sér mikla áhættu. Skip sem fela í sér mikla áhættu eru skoðuð oftar og með nákvæmari hætti en önnur, t.d. olíu- og efnaflutningaskip og skip sem eru eldri en 12 ára. Aukin áhætta er einnig talin fylgja skipum sem sigla undir fána ríkja sem þekkt eru fyrir lítið eftirlit með skipum. Að ákveðnum skilyrðum uppfylltum geta ríki meinað skipum sem fylgir sérstök áhætta aðgang að höfnum sínum. Hafa ber í huga að skip sæta hafnarríkiseftirliti hvort sem fánaríki þeirra eru aðilar að alþjóðlegum samningum um mengun frá skipum eða ekki.

Hafnarríkiseftirlit hér á landi felst vanalega í því að Samgöngustofa skoðar skírteini og skjöl sem eiga að vera um borð samkvæmt alþjóðlegum reglum og athugar með einfaldri skoðun hvort heildarástand skipsins sé fullnægjandi. Ef þessi einfalda athugun leiðir í ljós að „augljós ástæða“ er til að ætla að ástand skips, búnaðar þess eða áhafnar samræmist ekki alþjóðlegum reglum er Samgöngustofu heimilt að framkvæma víðtæka skoðun. Skip sem fela í sér mikla áhættu sæta þó alltaf víðtækri skoðun.

Víðtæk skoðun skips fer þannig fram að skoðunarmenn Samgöngustofu fara um borð í skipið og gera nákvæma athugun á m.a. skjölum, ástandi burðarvirkis, brunaöryggi, vinnuskilyrðum og aðbúnaði, björgunarbúnaði, hættulegum farmi og mengunarvörnum. Ef í ljós kemur að skip er haldið annmörkum sem stofna öryggi og heilbrigði manna eða umhverfinu í hættu er Samgöngustofu skylt að leggja farbann á skipið. Samgöngustofa getur þó heimilað skipi að sigla til skipaviðgerðastöðvar eða, í ákveðnum tilvikum, að sigla til annars ríkis sem aðild á að samstarfi um hafnarríkiseftirlit, með skilyrði um að leyst hafi verið úr annmörkunum innan tiltekins tíma.